为了解本地土生华人社群，也就是我们熟称的娘惹族群的遗传基因混合（genetic admixture）程度，从科学角度去追踪这个社群的历史，新加坡科技研究局（A*STAR）属下的基因研究院（GIS）在2018年展开一项研究，对177名新加坡土生华人的基因组进行分析，并与其他地区的华人加以对比。
科技研究局今年6月21日在科学杂志《分子生物学与进化》发表该研究报告，并在7月16日于政府新闻中心发布文告。
研究结果显示：
我国土生华人平均有93.3%的华人血统、5.62％的马来血统、0.92%印族血统，以及0.2%欧洲人血统。
土生华人遗传5.62%的马来基因，明显高于对照组：新加坡华人的1.08％马来血统，中国南方华人的0.86％马来血统，以及中国北方华人的0.25％马来血统。
研究人员还发现，土生华人和新加坡华人在1612年前有共同的祖先，即来自中国中部地区的早期汉人，以及来自中国南部的早期南岛人。
两个族群之间的通婚形成了几个世纪后的中国南方人，他们当中有一些人后来移民到新加坡及东南亚周围地区。新加坡华人和土生华人就是这群南方华人的直系后代。
我国文史工作者林志强在《解读土生华人基因组鉴定》一文中说，马来基因大约千多年前曾在中国南方华人中出现，可解读为近代南洋马来人和古代中国少数民族有共同的祖先，而新加坡和中国华人都有一些马来基因。
土生华人的“首名女祖先”并非明朝公主
团队也发现，土生华人的马来血统主要源自马来女性，这与我们所知的吻合，即早期在马来群岛经商的中国移民迎娶了当地的马来女子，原因是当时的华族女性移民较少。
新加坡基因研究院表观遗传学与染色质机构实验室团队高级主任符策贤教授指出，这项发现直接推翻了有关土生华人是中国公主后代的传说：
据《马来纪年》记载，15世纪明朝公主汉丽宝远嫁满刺加（如今的马六甲）和苏丹满速沙成亲。五百大臣之子和五百宫娥作为陪嫁。这五百大臣之子和当地贵族通婚，其后代成为土生华人。
然而，本地的娘惹族群始终深信，首名女祖先是一位住在马来群岛的马来族女性。如今这个“族群秘密”被研究团队通过血统和基因数据证实是真的。
自郑和在1405年至1433年间下西洋之后，15世纪至17世纪年间，不少华商跟着南下经商，当中不乏有人在马来群岛与当地土著通婚，繁衍出后代，壮大了土生华人的人口。
1819年殖民时期，新加坡成为自由港口，吸引了大批马六甲土生华人迁移到新加坡生活。一般相信，新加坡的大部分土生华人，应该是来自马六甲的土生华人的后代。
研究小组也推断出我国的土生华人的马来基因是在190年前（1831年前）遗传下来的，大多数新加坡土生华人应该是第三和第四代纯华人男性祖先的后裔。在其他海峡定居的土生华人则可能是纯中国男性祖先的第五或第五代后裔。
10%土生华人的血统竟然是百分百华人？
有趣的是，这177名土生华人当中，有10%拥有100%的华人血统，这引起土生华人协会会长徐维德的兴趣。
这是否意味着他们不是真正的土生华人，毕竟从血统上来看并非混血儿？
本身是土生华人的徐维德（72岁）在协会面簿写道，
协会的立场是，他们都是土生华人，和有着华人与马来基因的土生华人一样。
这是因为他们从小就以土生华人的身份成长，学习土生华人文化。土生华人是一种文化身份认同，而不是种族身份认同。从种族上讲，我们是华人。在文化上，我们是土生华人。
10月23日，基因研究院和土生华人协会将举办一场网络研讨会，与土生华人社群讨论研究结果。
明年，土生华人协会将着手进行数字普查，以了解新加坡的土生华人人口有多少。他们以后可能会把人口普查扩大到东南亚。土生华人过往一直使用历史记录和家谱来追溯自己的根源。
徐维德说：“我们希望接触到更大的社区，进一步定义我们（土生华人）的身份。”
